Nach der zehnten Klasse müssen die Schülerinnen und Schüler ihre Kurse für die darauffolgenden zwei Schuljahre wählen. Grundsätzlich besteht dabei die Möglichkeit, auch aufgrund der Kooperation der Baden-Badener Gymnasien, aus dem breiten Fächerangebot soweit frei zu wählen, dass alle Bereiche abgedeckt sind. Kurz vor Beginn der Sommerferien wird sich entscheiden, an welchem der Gymnasien der vierstündige Kursstufenunterricht in den kleinen Kursen stattfinden wird.

In der Oberstufe besteht die Möglichkeit an einem Seminarkurs teilzunehmen. Seit Jahren nehmen Oberstufenkurse des Richard-Wagner-Gymnasiums am Junior Projekt teil.

Der Leitfaden des Kultusministeriums gibt genaue Auskunft über die Wahl der Kurse und deren Verrechnung zur Bestimmung der Abiturnote. Zudem wird frühzeitig eine Oberstufeninformationsveranstaltung der Oberstufenberater für die neuen Kursstufenschüler durchgeführt werden. Darüber hinaus hat der Landesschülerbeirat ein Programm erstellt, welches viele Möglichkeiten der Kurswahl darstellt.